Sejak masa awal perkembangannya hingga saat ini, Pondok Pesantren Annuqayah telah melakukan terobosan pendidikan yang menegaskan landasan epistemologi keilmuan yang terbuka. Visi keilmuan Annuqayah yang juga diilhami oleh salah satu kitab karya Jalaluddin Assuyuthi yang berjudul Itmam al-Dirayah li- Qurra’ al-Nuqayah ini mendorong munculnya upaya pengembangan dan pembaruan pendidikan di berbagai aspek, termasuk kelembagaan.
Untuk mendukung hal tersebut, Yayasan Annuqayah menginisiasi pendirian Institut Sains dan Teknologi Annuqayah (disingkat IST Annuqayah) yang menjadi rintisan untuk mewujudkan wadah bagi visi pengabdian Annuqayah yang dapat menyentuh seluruh aspek kehidupan masyarakat dengan bekal keilmuan yang mumpuni dan landasan visi kepesantrenan dan keislaman yang kuat.
Didukung dengan lingkungan pendidikan yang dibangun dengan ketulusan mendalam dan dikelola dengan penuh dedikasi, IST Annuqayah akan mencetak kader kader generasi santri yang memiliki wawasan keilmuan sains dan teknologi yang luas dan mendalam dengan landasan moral keagamaan dan orientasi keilmuan yang mengarah pada peningkatan kesejahteraan masyarakat.
IST Annuqayah menyelenggarakan program akademik dan profesional dalam mengembangkan dan menyebarkan sains dan teknologi yang bertujuan untuk menyiapkan mahasiswa sebagai anggota masyarakat yang memiliki akidah Islam berlandaskan Ahlussunnah wal Jama’ah, akhlakul karimah, memiliki kemampuan akademik dan/atau profesional dan dapat menerapkan, mengembangkan, menyebarluaskan dan/atau menciptakan sains dan teknologi, memiliki tanggung jawab yang besar untuk membangun kesejahteraan bangsa dan untuk kemajuan Islam Ahlussunnah wal Jama’ah di Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Ikhtiar pendirian IST Annuqayah dilatari oleh harapan dan keinginan serta dorongan dewan sesepuh (Masyayikh) Pondok Pesantren Annuqayah (K.H.Ahmad Basyir AS, K.H.Mohammad Ishomuddin AS, Drs.K.H.A.WArits Ilyas, K.H.Abd.Basith AS, dan K.H.Abd.Muqsith Idris) untuk mengembangkan lembaga pendidikan tinggi yang sudah ada di bawah naungan Yayasan Annuqayah, yakni Institut Ilmu Keislaman Annuqayah (INSTIKA) Guluk-Guluk Sumenep menjadi universitas.
Harapan dewan masyayikh tersebut, ditindaklanjuti oleh Yayasan Annuqayah bersama pimpinan INSTIKA dengan membentuk panitia pendirian Universitas dengan tim pengarah;
- K. M. Ainul Yaqin
- Drs. H. Abbadi Ishomuddin, MA.
- Dr. Ach. Maimun, M.Ag.
- H. Mohammad Hosnan, M.Pd.
- Drs. H. A. Washil, M.Pd.I
Dalam pelaksanaannya, secara teknis, tim ini terdiri dari,
Ketua : Prof. Dr.H. Sunardji Dahri Tiam, M.Pd.,
Wakil Ketua : Drs. H. Abdul Halim, M.Pd.I,
Sekretaris : Fathor Rachman, M.Pd.,
Wakil Sekretaris : Abd. Rahman, MH.,
Bendahara : Tibyanto, M.Pd.I.
Anggota-Anggota:
Syafiqurrahman, M.Pd.I,
Sinawar, M.Pd.I,
Paisun, M.Pd.,
Abd. Warits, M.Pd.I,
Ach. Khatib., M.Pd.I,
Mohammad Afnan, M.Pd.I,
Muhammad Nihwan, M.Pd.I,
Maksum, M.SI.,
Dr. Fathurrosyid, M.Th.I,
Dr. Asy’ari Muthhar, M.Fil.I, dan
Masykur Arif, M.Hum.
Struktur dan personalia panitia tertuang dalam SK Rektor INSTIKA Nomor: 200/Isn.036/KP/X/2016.
Sebagai langkah awal, dilaksanakanlah Workshop Transformasi Kelembagaan dari Institut ke Universitas di Hotel GreenSA Inn Surabaya, pada hari, Kamis-Jumat 17-18 November 2016, yang diikuti oleh seluruh pengasuh Pondok Pesantren Annuqayah, Rektor dan Wakil Rektor, Para Dekan, dan Tim Peralihan Status, dengan nara sumber utama Prof. Dr. H. Abd A’la, M.Ag., Prof. Dr. H. Imam Suprayogo dan Prof. Dr. H. Sunarji DT., M.Pd.
Pendirian Universitas Annuqayah dilanjutkan dengan konsultasi-konsultasi kepada Koordinator Perguruan Tinggi Swasta (Kopertis) 7 Surabaya pada awal tahun 2017. Dari konsultasi tersebut, diperoleh informasi bahwa pendirian universitas pada saat tersebut, tidak bisa dilanjutkan, karena sedang ada moratorium dari Kementerian Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia (Kemenristekdikti RI) untuk pembukaan program studi sosial yang menjadi prasyarat berdirinya universitas.
Kemudian tim pengarah (Drs. H. Abbadi Ishomuddin, MA., Dr. Ach. Maimun, M.Ag., H. Mohammad Hosnan, M.Pd., Drs. H. A. Washil, M.Pd.I.) bersama Drs. H.Ah.Syamli, M.Pd.I berkonsultasi langsung kepada Menteri Riset Teknologi Pendidikan Tinggi Republik Indonesia (Menristekdikti RI) Yth. Prof.Dr.H. Mohammad Nasir, Ph.D.Ak di PP. Bahrul Ulum Denanyar Jombang. Hasil dari konsultasi tersebut, disarankan agar Yayasan Annuqayah mengajukan pendirian perguruan tinggi baru kepada Menristekdikti RI dengan program studi umum eksakta, baik dalam bentuk sekolah tinggi atau institut.
Menindaklanjuti saran tersebut, panitia mengajukan proposal pendirian perguruan tinggi baru dalam bentuk institut yang diberi nama Institut Sains dan Teknologi Annuqayah (awalnya disingkat ISTANA, tapi difinalkan dengan singkatan IST Annuqayah) kepada Menristekdikti RI melalui Kopertis 7 Surabaya. Proposal tersebut dipresentasikan di kantor Kopertis 7 Surabaya pada tanggal 23 Agustus 2017 di bawah supervisi langsung Bapak Prof. Dr. Suprapto, DEA (Koordinator Kopertis 7 Surabaya). Dari hasil presentasi dan dilanjutkan visitasi langsung oleh Sekretaris Kopertis 7 Surabaya, maka Rekomendasi pendirian IST Annuqayah dikeluarkan oleh Kopertis 7 Surabaya dengan Nomor: 1928/K7/KL/2017 tertanggal 04 September 2017.
Untuk selanjutnya, panitia menyelenggarakan workshop penyempurnaan proposal bertempat di Hotel SwisBell-in Surabaya pada tanggal 24 April 2018 yang difasilitasi dan dibimbing langsung oleh tim dari Pengurus Pusat Lembaga Pendidikan Tinggi Nahdlatul Ulama (PP LPTNU) yaitu Prof.Dr.Mujahidin, M.Ag dan Prof.Eka Ananta Sidharta yang didampingi oleh Ibu Randa Fatma Wilis (Rara) dan Bapak Kamal. Pada tanggal 30 April 2018, proposal telah dikirim dengan diunggah kepada Kemenristekditi melalui akun Silemkerma. Setelah seluruh persyaratan lengkap, maka dilaksanakan visitasi oleh Kemenristekdikti pada tanggal 6 Juni 2018.
IST Annuqayah yang berkedudukan di desa Guluk-guluk, kecamatan Guluk guluk kabupaten Sumenep, Jawa Timur secara resmi berdiri pada hari Rabu, 6 Juni 2018 berdasarkan Surat Keputusan (SK) Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia nomor: 479/KPT/I/2018 dengan 6 (enam) program studi, yaitu: Matematika, Biologi, Kimia, Teknologi Informasi, Teknologi Hasil Pertanian, dan Teknik Sipil.
Surat Keputusan tersebut, diserahkan langsung oleh Prof.Dr.Mohammad Nasir, Phd., Ak (Menristekdikti RI) dalam acara Silaturrahim Ulama dan Peresmian IST Annuqayah di Aula As-Syarqawi PP.Annuqayah pada tanggal 12 Juni 2018 M/27 Ramadhan 1439 H
Pada awalnya, sebagaimana dalam proposal pendirian, pengelola IST Annuqayah yang menjabat sebagai Rektor, adalah K.H. A.Naqib Hasan, M.Pd. namun setelah peresmian, beliau menyatakan tidak bersedia dan menyampaikan pengunduran diri kepada Yayasan Annuqayah. Maka berdasarkan hasil rapat dewan masyayikh PP.Annuqayah, Ketua Umum Yayasan Annuqayah menetapkan Dr. H. Mohammad Hosnan, M.Pd sebagai Rektor IST Annuqayah masa khidmat 2018– 2022 melalui SK nomor; 47/SKPT/PT/VII/2018 tertanggal 4 Juli 2018 yang kemudian disusul dengan SK Rektor IST Annuqayah nomor; 008/IST- A.72020/KP/VII/2018 Tertanggal 11 Juli 2018 untuk pejabat Wakil Rektor I, yaitu M. Mushthafa, M.A., dan nomor: 009/IST-A.72020/KP/VII/2018 Tertanggal 11 Juli 2018 untuk pejabat WR II, yaitu Drs. H. Halim Ismail, M.Pd.I.