Himne IST Annuqayah
Dibawah langit biru nan peresih
kampus kami berdiri
Tancapkan saka sains dan teknologi
Demi Ridho Ilahi
IST Annuqayah
Pada ilmu berkhidmah
Kami akan berjanji setia
Dzikir pikir lahir batin
Demi insan sejati
Mars IST Annuqayah
Bangun bangkit dan berangkat
untuk memulai langkah perjuangan
di medan ilmu langit bumi dan semesta
terhampar luas pengkajian
Bersamamu, IST Pondok Pesantren Annuqayah
Mengabdikan diri
tuk amalkan ilmu yang dipelajari